党政办公室是校党委和校行政“办文、办事、办会、服务、协调”的综合服务部门，围绕学校的中心工作，负责组织协调、对外联络、公文处理、效能督办、机要保密、印章管理、招标采购、信访审计、外事交流、校友交流、信息公开、法治建设、制度建设、值班管理、车辆管理、福州办事处以及厦门基地管理等服务工作。设有综合科、秘书科（校友办）、效能管理办公室（审计室）、招标与采购中心共4个科室。