自动化工程学院成立于2022年1月，前身为机电工程系，设机械制造、电气自动化和汽车运用等3个教研室，现有机电一体化技术、电气自动化技术、智能控制技术、数控技术、汽车检测与维修技术、新能源汽车技术和工业机器人技术等7个专业，其中电气自动化技术与机电一体化技术两个专业为福建省级示范专业，智能制造专业群为省级服务产业特色专业群。拥有福建省高职院校动力电池材料应用技术协同创新中心等4个科研平台。拥有先进的教学手段和实训教学设备，现有工业机器人实训场、智能制造实训场、现代电气控制系统实训室等16个校内实验、实训和科研场所，校外实习基地20多个。校内设立校企合作共建汽车产教融合实训基地，建有汽车驾训场，满足学生学车需求，是汽车运行与维修、工业机器人操作与运维、工业机器人应用编程、工业机器人集成应用等1+X职业技能等级证书试点单位，ABB公司授权的工业机器人及应用认证培训考试考点。多年来，自动化工程学院不断深化产教融合、校企合作，与三十多家大中型先进制造类企业建立了稳定的实习、就业和科研基地，与宁德新能源、恒安集团、厦门宏发等多家企业建立现代学徒制、二元制人才培养和技术服务，取得授权专利40多项。现有在籍学生近2000人，二元制学生近1000人。
自动化工程学院师资力量雄厚，拥有一支职称、学历、年龄梯队合理、教学经验丰富、实践能力强、科研水平高、富有创新意识和充满活力的师资队伍，现有教职工55人，其中教授2人，副教授8人，硕士以上学历和学位29人，全国水利职教名师1名，全国水利职教新星1名，福建省教学名师1人，福建省专业带头人3人。这支教学团队一贯教学严谨、注重技能和创新意识的培养，多年来为机械、智能制造和汽车行业培养和输送了大批高素质高技能专业技术人才，其中的一大部分已经成为技术和管理骨干，有不少走上了各级各类领导岗位，为社会建设作出了重要贡献。历年毕业生就业率连续保持在98%以上。
近年来，自动化工程学院学子在国家级、省级各类技能竞赛中均斩获佳绩，共获得国赛二等奖1项、三等奖3项；省赛一等奖3项、二等奖9项、三等奖10余项，创新创业类比赛金奖3项，特等奖1项，一等奖2项目，福建省青年科普创新实验暨作品大赛二等奖2项，展现了自动化工程学院学子精湛的专业技能、良好的职业素养。
自动化工程学院始终坚持教育立德树人的中心环节，积极践行社会主义核心价值观，注重学院文化发展的历史传承，深入挖掘、凝练学院文化传统，在文化建设中突显行业、企业的特色，不断挖掘、培育学院文化建设，形成校企文化深度融合，职业特色鲜明的系部文化——6S文化和管理模式。
潮平两岸阔，风正一帆悬。自动化工程学院将继续秉承“精求技能、崇尚文明”的校训，以“内强实力，外塑品牌，打造魅力自动化”为发展目标，始终坚持“以专业建设为核心，以学生就业为导向”的理念，以“培养高质量、具有创新精神、为地方经济和社会进步服务的高端技能型智能制造人才”为己任，立足区域经济发展，围绕智能制造产业链，通过加强专业内涵建设、改革人才培养模式、重构课程体系、开发共享优质核心课程，不断提高教学质量，培养高技术技能型人才，满足行业、企业需求。